Okužba sečil se pojavi, ko škodljivi mikrobi zaidejo v spodnji ali zgornji del sečil. Najpogostejše so okužbe spodnjih sečil, ki se razvijejo v uretri in mehurju. Imenujemo jih tudi cistitis. Bakterije, ki okužijo spodnja sečila, v večinoma prihajajo iz bolnikovega lastnega telesa. Najpogostejša je bakterija E. Coli, ki običajno živi v črevesju, vendar pa lahko ob izpostavljenosti uretre bakterijam iz blata povzroči okužbo sečil.
Če visoko virulentnih bakterij ne zatremo, se lahko skozi sečevode razširijo v eno ali obe ledvici ter povzročijo okužbo zgornjih sečil. Simptomi te okužbe so lahko bolečine v hrbtu, slabost in vročina. Če okužbe zgornjih sečil ne zdravimo, lahko poškoduje ledvice ali celo povzroči njihovo odpoved. V nekaterih primerih se lahko vnetje ledvic razširi v krvni obtok in povzroči urosepso, ki zahteva takojšnjo intenzivno nego. Ob diagnozi okužbe zgornjih ali spodnjih sečil in potrebnem zdravljenju bo zdravnik določil najprimernejši antibiotik v ustreznem odmerku.
Asimptomatična bakteriurija, imenovana tudi prisotnost „koristnih“ bakterij v sečilih, je nenevarno stanje, ki ga ni treba zdraviti z antibiotiki. Te bakterije ne povzročajo nobenih simptomov razen močnega vonja urina, ki se razvije pri nekaterih ljudeh.